W piątek odbyły się uroczystości pogrzebowe ks. Jana Kaczkowskiego. Podzielono je na dwie części: pierwsza odbyła się w Pucku, a druga w Sopocie. W uroczystościach udział wzięły tłumy ludzi.
W piątek o godzinie 11 ciało ks. Jana przewieziono do Sopotu. O 12 w kościele garnizonowym pw. św. Jerzego odbyła się msza św., której przewodniczył biskup pomocniczy Archidiecezji Gdańskiej Wiesław Szlachetka. Oprócz rodziny udział w ceremonii wzięły setki ludzi chcących oddać hołd zmarłemu.
Tydzień przed śmiercią ks. Jan sprawował swoją ostatnią mszę św. Całkowicie wtedy już przykuty do łóżka, w swoim rodzinnym domu. W momencie, kiedy powoli zaczął już tracić mowę, zupełnie świadomie i z wielkim wysiłkiem wyciągnął rękę i wypowiedział słowa konsekracji – mówił podczas kazania ksiądz Piotr Przyborek.
Ciało ks. Kaczkowskiego spoczęło na Cmentarzu Komunalnym w Sopocie.
Ks. Jan zmarł 28 marca, w wielkanocny poniedziałek. Był on współzałożycielem i dyrektorem hospicjum im. św. Ojca Pio. Miał 39 lat.