Prezes II Zarządu Głównego Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość”. Od najmłodszych lat stykał się z bolszewikami działającymi przy wschodniej granicy II RP. Postawa taka sprawiła, że przez wszystkie lata swego życia był wrogo nastawiony do komunizmu i nawet po aresztowaniu zachował niezłomną postawę.

Franciszek Niepokólczycki urodził się 27 października 1901 roku w Żytomierzu. Po ukończenie Gimnazjum Polskiej Macierzy Szkolnej im. Tadeusza Czackiego w Żytomierzu, został żołnierzem (rok później komendantem) Komendy Naczelnej nr 3 Polskiej Organizacji Wojskowej na Ukrainie. Po aresztowaniu przez bolszewików uciekł z więzienia biorąc udział w wojnie polsko-bolszewickiej.

W 1922 roku ukończył kurs w Centralnej Szkole Podoficerów Piechoty w Grudziądzu. Od marca 1923 w 10. pułku saperów jako dowódca plutonu i referent mobilizacyjny. Od 1928 do 1938 roku oficer w 3. baonie saperów wileńskich.

We wrześniu 1939 roku na stanowisku dowódcy 60. baonu saperów armii „Modlin”. Następnie szef Wydziału Organizacyjnego dowództwa saperów tej armii. Od 15 września wyruszył do Warszawy gdzie brał udział obronie stolicy. Po kapitulacji uciekł z obozu niemieckiego wraz z 14 oficerami. Już kilka dni później objął funkcję oficera dywersji i sabotażu w Oddziale III Sztabu Służba Zwycięstwu Polski. Od 1942 roku otrzymał funkcję szefa Wydziału Saperów Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej.

Od stycznia 1943 roku został zastępcą gen. Augusta Emila Fieldorfa „Nila” komendanta Kedywu KG AK. Wiosną tego roku koordynował akcję pomocy dla powstańców żydowskich w Gettcie Warszawskim.

Podczas Powstania Warszawskiego Niepokólczycki był szefem produkcji uzbrojenia i materiałów wybuchowych. Po kapitulacji więziony w oflagu II C Woldenburg.

Po powrocie do Polski pozostał w konspiracji, początkowo jako zastępca płk Antoniego Sanojcy, komendanta Obszaru Południowego Delegatury Sił Zbrojnych, powstałej po rozwiązaniu Armii Krajowej. Następnie objął stanowisko po aresztowanym. Po powstaniu WiN i zatrzymaniu przez UB jego pierwszego prezesa, Niepokólczycki został drugim z kolei szefem całej organizacji. W tym czasie miała miejsce ciekawa historia. Aresztowany Jan Rzepecki wydając odezwę do ujawnienia się wysłał na PRYWATNY adres Niepokólczyckiego list. Tylko dzięki ucieczce przez okno kierownikowy Drugiego Zarządu udało się uratować.

Za czasów Niepokólczyckiego Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość” zmieniło taktykę. Uznano rząd RP na uchodźstwie jako prawowitą władzę w Polsce (za kadencji Rzepeckiego skupiono się wyłącznie na czynnikach krajowych). Pozwoliło to na otrzymywanie funduszy na dalszą działalność. Kolejną ważną zmianą było oparcie swej działalności na tzw. Brygadach Wywiadowczych – komórkach wywiadowczych, które w latach okupacji zajmowały się rozpracowywaniem organizacji komunistycznych. Za „rządów” Niepokólczyckiego na zachód wysłano „Memoriał do ONZ”, w którym opisywano łamanie praw przez PPR i partie będące pod jej wpływem.

Aresztowanie nastąpiło 22 VIII 1946 w Zabrzu gdzie mieszkał. Niepokólczycki nie poddał się w trakcie śledztwa tak jak jego poprzednik. Nie wydał odezwy o ujawnienia, a także odrzucił propozycję współpracy, awansu na generała i otrzymania odznaczenia Virtuti Militari.

Oto co po latach napisał Niepkólczycki w liście opisującym jego podejście do procesu pokazowego:

Dowódcy wojskowi na tak wysokich stanowiskach, na jakim ja byłem, czasami znajdują się w takich sytuacjach, że powinni zdecydować się zginąć, ale nie wolno im kapitulować lub robić rewoltę. Tego wymaga od nich ponadpartyjny charakter wojska, które jest w służbie narodu.

Przed procesem przesyłano mu do celi wyciągi zeznań członków Pierwszego Zarządu, oczywiście tylko fragmenty. Po ich przeczytaniu Niepokólczycki nie chciał ujawnić o czym będzie mówił na sali rozpraw (dałoby to czas komunistycznym ideologom do przygotowania „pokazówki”). Nieprzejednana postawa prezesa spowodowała iż nakłaniany przez swych współpracowników postanowił nie atakować reżimu na procesie postanowił zaś stosować politykę niedomówień i pomniejszania działalności Zrzeszenia WiN jako grupy czekającej na wybory i zakończenie swej konspiracji.

10 września 1947 roku w tzw. „Wielkim Procesie Krakowskim” Franciszek Niepokólczycki został skazany na trzykrotną karę śmierci. Odrzucił propozycje napisania prośby o łaskę do Bolesława Bieruta. Zrobił to jego obrońca Mieczysław Maślanko, co uratowało mu życie.

Po zwolnieniu z więzienia w 1956 roku odmówił formalnych zabiegów o rehabilitację. Pracował w Stowarzyszeniu Wynalazców Polskich, Spółdzielni Pracy „Technomontaż” i Spółdzielni Inwalidów i Emerytów Kolejowych w Warszawie. Do końca życia (11 czerwca 1974) inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa.

Na podstawie: „Konspiracja i opór społeczny w Polsce 1944-1956. Słownik biograficzny”, tom I, Kraków-Warszawa-Wrocław 2002