Andrzej Witkowski po odebraniu mu śledztwa pyta, co z nim będzie dalej. Otrzymuje informację, że śledztwo będzie prowadził ktoś, kto rozpocznie je od dołu, a nie od góry.

Sam Andrzej Witkowski prowadzenia śledztwa od dołu oczywiście odmówił, twierdząc, że skoro w tak krótkim czasie jego metoda przynosi tak radykalne wyniki, to nie można go zaniechać. Przeciwnie, uważa, że należy wzmocnić ten kierunek. Przełożeni stoją jednak na stanowisku, że sześciu nowych świadków należy zlekceważyć. Następuje więc radykalna różnica zdań i Witkowski dowiaduje się, że tego śledztwa prowadzić już nie będzie.

Śledztwo rzeczywiście zaczyna być prowadzone inaczej. Zostaje rozbite, wszystkie ustalenia zespołu zostają podzielone na małe kawałeczki, każdy z nich jest sprawdzany osobno, ale konsekwentnie tę szóstkę z WSW się zostawia. Głównej sprawy nie ma, wszystkie misternie układane przez Witkowskiego puzzle zostają rozrzucone. Żaden z tych puzzli nie pokaże obrazu. Dopiero złożone w całość pokazują obraz.

Jednym z wątków, od którego zaczyna się po odsunięciu Witkowskiego, jest proces Ciastonia i Płatka. Prokurator jest zszokowany. Mówi wówczas, że takie sprawy robione wyrywkowo muszą skończyć się klęską. Ich sens ukazuje się dopiero na tle całości. Okazuje się, że ma rację. Co więcej zostaje wezwany jako świadek na przesłuchanie w tych sprawach i dochodzi wówczas do kuriozalnej sytuacji. Jako świadek musi się stawić, więc Witkowski oczywiście pojawia się. Po podaniu dowodu milczy, nie odpowiada nawet jednym słowem. Dlaczego? Ponieważ Andrzej Witkowski miał świadomość, że jeśli będzie składał zeznania, to nigdy już nie wróci do tej sprawy jako prokurator.

W mediach fakt, że prokurator nie wypowiedział podczas zeznań ani słowa, nazwano kuriozum. Ale prokurator Witkowski wiedział, że komuś chodzi o to, by ostatecznie zamknąć mu możliwość powrotu do sprawy. Pojawić się musiał, ale złożenia zeznań odmówił. Czas pokazał, że miał rację.

Przez dziesięć lat nic w tej sprawie tak naprawdę się nie dzieje, ale opinia publiczna o niej pamięta. W roku 2000 wydaje się, że instytucją, która ma szansę zmierzyć się z tego typu sprawami, jest IPN. Społeczeństwo domaga się powrotu Andrzeja Witkowskiego do śledztwa. Pod wpływem tych nacisków prokurator powraca do swojego śledztwa już w ramach pionu śledczego IPN. Osoby czuwające nad tą sprawą z pewnością miały nadzieję, że po dziesięciu latach niszczenia, rozdrabniania śledztwa Witkowskiemu nie uda się ustalić niczego istotnego.

Witkowski otrzymuje nawet pozwolenie odbudowania namiastki zespołu, którym dysponował i ponownie rozpoczyna swoje śledztwo. Od razu dostrzega, że wszystkie dowody, które mozolnie gromadził – zniknęły. Nie wiadomo, gdzie podziała się masa dokumentów i materiałów. Musi więc de facto rozpocząć od nowa. Ma już wówczas doświadczenie i wie, że to nie jest zwykła sprawa.